Возрождение храма
1980-1990-е г.г.
С 1989 года стали предприниматься первые попытки по возврату храма верующим, даже образовалась община во главе со священником. Тем не менее храм никто не собирался освобождать.
Со стороны переулка все еще находился безымянный вход в распределитель продуктов кремлевской столовой; кремлевская столовая в здании храма Знамения продолжала существовать.
Начало 2000-х г.г. Придание статуса Подворья Патриарха
В связи с этим, сознавая особое духовное и историко-культурное значение храма, его историческую приближенность к государственной власти, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II специальным указом от 29 декабря 2001 года придал ему статус Подворья Патриарха Московского и всея Руси. Однако вслед за указом Святейшего Патриарха передачи храма Русской Православной Церкви не последовало из-за нерешенности вопроса о размещении на иных площадях столовой больницы и других подразделений Главного медицинского управления Управления делами Президента Российской Федерации, находившихся на территории храма.
Между тем попечением настоятеля Московского Донского монастыря архимандрита Агафодора в маленьком помещении под куполом храма Знамения, в бывшей ленинской комнате была устроена крохотная церковка. И лишь спустя некоторое время регулярные богослужения по четвергам в ней смог начать назначенный сюда на должность исполняющего обязанности настоятеля священник Владимир Вигилянский. По договорённости с руководством Главного медицинского управления был составлен список, по которому на «режимный объект» nдопускалась небольшая группа прихожан. В это время состоялось решение о переводе столовой из храма, но помещения его еще долго не освобождались, из-за нерешенного вопроса о переселении структур Главного медуправления и демонтаже оборудования.
2005 г. Поручение Президента о передаче храма РПЦ
4 марта 2005 года указом Святейшего Патриарха Алексия II на должность исполняющего обязанности настоятеля храма был назначен кандидат богословия священник Михаил Гуляев. Он продолжил богослужения в храме, одновременно уделяя особое внимание установлению добрососедских отношений с руководством Управления и больницы. Его усилиями при содействии Председателя Комитета по социальной политике Совета Федерации В. П. Петренко была создана основа для обращения Святейшего Патриарха Алексия II к Президенту Российской Федерации В. В. Путину.
В результате личной встречи Президента и Патриарха был решён вопрос о передаче храма в ведение Русской Православной Церкви. 27 ноября 2005 года вышло поручение Президента Российской Федерации №Пр-2040 о передаче здания храма и Дома причта Русской Православной Церкви.
Добрый отклик Президента В. В. Путина, его неравнодушие к судьбе уникального храма позволили осуществиться долгожданному событию.
2006 г. Передача храма РПЦ
29 июня 2006 года, после 77-летнего запустения храм был передан Русской Православной Церкви в постоянное и безвозмездное пользование. Управляющий делами Президента Российской Федерации В. И. Кожин и его заместитель И. Д. Малюшин, в административном подчинении которых находится храм, не просто исполнили поручение Президента, а отнеслись к судьбе храма с особым вниманием и заботой. Их попечением передача храма была произведена в сжатые сроки, благодаря чему вскоре начались масштабные реставрационные работы по приведению выдающегося памятника русской архитектуры в первозданный вид. И. Д. Малюшин стал настоящим добрым ангелом храма, не оставляя без внимания весь процесс его восстановления личным присутствием, несмотря на свою крайнюю занятость на высокой государственной должности.
2007 г. Маштабные реставрационные работы
Сотрудники Управления делами Президента РФ и подведомственных организаций, по роду своей деятельности принимавшие участие в передаче храма и его восстановлении, также проявили участие и благорасположение. В этой связи с благодарностью хочется отметить П. В. Новикова, С. П. Миронова, А. Т. Арутюнова, А. В. Чауса, В. М. Лещевского, Д. В. Мамонтова, А. Н. Чекалина, В. Н. Антонцеву, Н. Ю. Шпакова, Н. Н. Скрыпникова, И. А. Морозова, В. П. Курбатова, Е. Н. Старцева, А. В. Петровского, Ю. А. Суровова, А. П. Серебренникову.
В ответ на инициативу власти сформировался коллектив профессионалов, соответствующих уровню значимости поставленной задачи по возрождению святыни в первозданном виде. Это опытные архитекторы-реставраторы И. Д. Любимова и Г. Б. Меньшикова во главе с заслуженным работником культуры РФ Е. Г. Одинец, много лет отдавшей памятнику, сотрудники известных реставрационных организаций «Спецреставрация», «Альфарекон», «Союзреставрация».
Проявленное участие в нуждах Патриаршего Подворья первыми лицами Российского государства оказало неоценимую помощь в деле восстановления Знаменского храма. Так волевое решение действующего на тот момент Президента Российской Федерации В. В. Путина в 2005 году и издание им специального Поручения позволило решить затяжные бюрократические проблемы по возвращению храма Церкви и его дальнейшему восстановлению, а внимание к возрождению исторического наследия способствовало поддержанию на контроле вышеупомянутого Поручения нынешним Президентом РФ Д. А. Медведевым. Так, на примере нашего храма слова о защите духовно-исторического наследия России подтвердились состоятельностью государственной власти.
В настоящее время реставрационные работы близятся к завершению, решается вопрос капитального ремонта Дома причта, ныне находящегося в аварийном состоянии. Однако много сил и средств ещё предстоит вложить в воссоздание внутреннего убранства храма, восстановление звонницы, что, к сожалению, не вошло в основной объём реставрационных работ.
Памятник архитектуры федерального значения
Храм Знамения является памятником архитектуры федерального значения, включен в список объектов проектируемой Правительством Москвы туристско-рекреационной зоны «Золотое кольцо Москвы» (Постановление №208 от 26.03.2002) и подлежит охране государства. Такое определение является следствием признания государством неоспоримого культурно-исторического значения храма для истории и архитектуры России.
Церковь Знамения Пресвятой Богородицы внесла свой неоценимый вклад в неповторимый облик Москвы, сделав его незабываемым, сказочно-прекрасным, внушая гордость жителям столицы и восхищение иностранным гостям Первопрестольной.
Храм находится в уникальном месте, где до сих пор царит дух непрерывающейся исторической традиции, где гораздо больше, чем подробные рассказы, говорит о себе атмосфера этих мест.
Издревле в этих местах ковалась вертикаль централизованной власти, сплотившей раздробленную Русь в единое сильное Российское государство.
Места эти видели ошибки и достижения великих князей и царя Ивана Грозного правящей династии Рюриковичей, смутные времена междуцарствия, свершения и закат Дома Романовых, стихию партийного строительства, приведшего к падению Российской Империи, вероломство советских правителей и смуту 1990-х годов.
И в наши дни местность эта продолжает иметь исключительное государственное значение; здесь сосредоточены основные органы государственной власти. Нынешнее руководство России, продолжая работу по укреплению государственной вертикали, большое внимание уделяет восстановлению исторической справедливости в отношении Русской Православной Церкви. Пример тому - возрожденный усилиями Управления делами Президента Российской Федерации храм иконы Божией Матери «Знамение» в Романовом переулке, являвшийся на протяжении веков символом успешного взаимодействия Церкви и Государства.
По материалам издания «Церковь Знамения иконы Божией Матери на Шереметьевом дворе», 2009